Ceci se produit après l'installation d'un autre logiciel qui a aussi des pictogrammes affichés.
Que faire :
1 - ouvrir la base de registre paHKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\ShellIconOverlayIdentifiers
2 - l'ordre de prise en compte des pictogrammes est l'ordre alphabétique. Votre nouveau programme est donc plus haut dans la liste que Tortoise Git
3 - ajouter autant d'espaces devant "1TortoiseNormal" et les autres pour qu'ils arrivent plus haut que les entrées du nouveau programme.
4 - rebooter.